Il Taranto viene inserito nel Girone H della Serie C. Nel mese di set- tembre 1940 avviene una nuova fusione con la Pro Italia Taranto. La nuova denominazione sociale e' Unione Sportiva Taranto e si mantengono i colori sociali del rosso e del blu'. Nonostante l'Italia fosse in guerra dal 10 giugno 1940, per volere delle autoria' governative, i Campionati di ogni ordine e grado devono essere effettuati anche se le incursioni aeree possono essere improvvise. E' un campionato che vede il Taranto nelle prime posizioni sino al termine ma alla fine sara' il Siracusa a partecipare al Girone finale per la promozione in Serie B. Partecipa alla Coppa Italia ma viene eliminato al secondo turno per- dendo in casa con il Palermo.